微商城和小程序是兩種不同的概念，有一些主要區別如下：

1. 平臺差異：微商城是指在微信公眾號內建立的在線商城，而小程序是一種在手機操作系統上運行的應用程序，不依賴于特定的社交平臺。微商城是在微信平臺上運營的，而小程序可以在多個平臺上運行，如微信、支付寶、百度等。

2. 功能差異：微商城主要提供商品展示、下單、支付等基本功能，適用于傳統電商模式;而小程序不僅可以提供商品展示和交易功能，還可以實現更復雜的功能，如在線預約、社交分享、場景化服務等，具有更高的靈活性和擴展性。

3. 開發門檻：微商城需要具備一定的編程技能和開發經驗，并需要進行開發、部署和推廣等一系列的操作;而小程序開發相對較簡單，可以通過微信開發者工具進行快速開發和調試，不需要涉及復雜的開發流程。

4. 用戶體驗：微商城通常需要用戶主動搜索并進入公眾號后才能進行購物，相對來說用戶的主動性更強;而小程序可以直接在手機桌面或其他入口進入，用戶體驗更為便捷。

需要注意的是，微商城和小程序并不是互斥的概念，很多商家會同時在微信公眾號上建立微商城，并且在小程序平臺上發布相應的小程序，以便更好地滿足不同用戶的需求。