很多的企業不但會有自己的網站，還會有自己的電子商務系統，為了方便企業對這兩者進行分開管理，企業一定要清楚這兩者的區別及聯系。         網站是通過主機空間租用，來展示企業形象和產品的平臺，客戶通過網站來了解公司的概況和主要業務種類，是企業展示自己的一個平臺，在網絡上能夠宣傳自己，當然通過網絡優化，排名等能讓客戶在了解相關業務時使用搜索引擎更容易找到自己。
 
        電子商務系統一般指的是獨立域名的企業電子商城或者依托于淘寶下的產品展示和銷售的電子商務平臺（此為二級域名），通過此平臺來開展B2C商城系統業務，此以在網絡上交易為主，實現產品在線的售賣。電子商務系統，廣義上是指支持電子商務活動的電子技術手段的集合。狹義上是指狹義的電子商務系統,在互聯網的基礎上,以實現企業電子商務活動為目標,滿足企業生產,銷售,服務等生產和管理的需要,支持企業的對外業務協作,從運作,管理和決策等層次全面提高企業信息化水平,為企業提供商業智能的計算機系統。
 
        電子商務系統與網站是兩個不同的概念，電子商務系統是基于互聯網并支持企業價值鏈增值的信息系統，而網站僅僅是這一系統的一個部分或者技術手段之一。盡管電子商務系統大多以網站作為服務客戶的窗口，但兩者是不可等同的。
 
        電子商務系統作為一個整體，不僅包括企業開展商務活動的外部電子化環境，而且包括企業內部商務活動的電子化環境，這兩部分必須結合起來才能滿足企業在互聯網上開展商務活動的需要。
 
        網站通常又稱為門戶站點，是企業為合作伙伴、客戶等提供的訪問企業內部各種資源的統一平臺。通過這一平臺，企業的合作伙伴，例如，原材料提供商可以獲取企業當前的原材料庫存情況及近期生產計劃，從而優化自身資源調配和生產調度；而企業的客戶可以通過這一窗口，了解企業各檔次各種類產品的詳細資料并且獲得企業提供的隨時的咨詢服務等。
 
        因此，可以將企業網站視為企業電子商務系統的一個組成部分。